蔡英文總統二十二日上午親上火線回應敦睦艦隊染疫事件並向國人致上歉意，總統說，國防部曾在對她的例行報告提到敦睦計畫，對於已做成的決定，「總統就應該是予以尊重」。蔡總統也表示，此行確實有一些「比較特殊的任務」，不方便公開說明，但沒有到帛琉以外的地方。
總統說，海軍敦睦艦隊官兵的感染事件，引起了社會高度關注，國防部也在二十一日就初步的調查進度和處置向國人說明，國防部長嚴德發也向她自請處分，她是三軍統帥，國軍的事，就是她的事，就是她的責任。海軍這趟任務在防疫上出現這麼大的違失，讓國人因此承擔疫情風險，她要致上歉意。
總統並表示，面對中國大陸在疫情期間的軍事行動，國軍堅守崗位，隨時應變。尤其台海當前情勢，對岸的軍事動作頻繁，所有疫情期間，必須要的戰備演訓還是要進行，保持正常戰力跟戰備。
隨後，總統接受現場媒體提問。媒體詢及是否有對國防部後續相關懲處及人事異動，總統回應表示，二十一日國防部所做的簡報，只是初步的調查結果，等到調查完整之後，釐清責任，會再進行懲處，她也不會護短。
媒體亦詢及此次敦睦艦隊出訪，是否執行機密任務，以及染疫是否與機密任務有關，總統回應指出，這次是艦隊歷年都有的演訓，在這個階段這項演訓是非常重要的演訓。至於這次，是有一些比較特殊的任務，但除了帛琉之外，並沒有到其他地方。
記者陳建興／台北報導
國民黨立委呂玉玲二十二日在立院外交及國防委員會質詢敦睦艦隊是否有機密任務，國防部長嚴德發答詢時表示，有去其他地方，但去哪裡不方便公開，願配合立院進行機密報告。
敦睦艦隊支隊長陳道輝接受立法院外交及國防委員會電話備詢，他激動落淚的向國人道歉，稱這是「穿上白軍服三十年最痛苦的時刻」。他強調，因參考隨艦醫療小組意見，五人發燒才通報一個比較嚴重的發燒官兵，「我在此我用生命保證，我絕對沒有隱瞞任何疫情，因為如果我知道已經有人感染，我一定會遵照國防部的命令立刻返航。」