歷經一波三折，第二批武漢返台專機至十一日凌晨陸續飛抵桃園機場，共載運三百六十一名台商返國，全數入住三處集中檢疫所，進行十四天隔離。疫情指揮中心表示，已展開第一次採檢工作，預計今天下午就會有部分結果先出爐。
三百六十一名滯留湖北的台商，是分別搭乘華航、東航班機在十日晚間十一時三十七分、十一日凌晨四時八分抵台。指揮中心醫療應變組副組長石祟良指出，其中十八歲以下兒童約近五分之一，還有襁褓中的嬰兒、孕婦以及有醫療需求的民眾，年紀最大者為九十一歲。
對於有些人未登機，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中表示，推論可能是有一些症狀，擔心被送到醫院，但也不排除有個案因素，但真正原因也因為沒有訪問到當事人而無法獲知。
他說，很替一名沒有登機的個案擔憂，深怕會因為很輕微的症狀而被強制送醫，畢竟看到大陸醫院的情況，只希望有好的隔離治療。
陳時中指出，這次專機任務歷經一波三折，包括起飛時間延誤、人數與原先預期不同，兩岸之間多方溝通，但雙方在認知上、作法上仍有一些落差，一路走來，算是滿困難一條路。
王必勝表示，此次機場檢疫及工作人員共三百五十六人均著安全防護裝備，民眾行李亦統一消毒處理。他們將於四十八小時完成採檢，進行十四天隔離檢疫，中央流行疫情指揮中心社區防疫組副組長莊人祥表示，目前採檢作業已在進行，最晚今天上午會完成採檢，預計下午就會有部分檢驗結果出爐。
由於第二批武漢包機中，包含一名新竹女中學生，可能要面對十四天的隔離檢疫，教育部長潘文忠表示，大學招聯會已經過密集的沙盤推演，會在兼顧考生權益和公平性的原則下，給予高規格的重視。