海基會派員進駐「行政院處理試辦通航事務馬祖行政協調中心」，海基會秘書長羅文嘉表示，盼做好服務工作，透過馬祖可以與對岸有更多交流。不過，因大陸前一天舉行「聯合利劍－２０２４Ｂ」軍演，陸委會副主委梁文傑在同一個場合指出，中共不承認中華民國，祭出挑釁行為，將影響來台交流等專案審查，形成海基會和上級指導機關陸委會兩者不同調。
海基會派員進駐馬祖，原本是好事一樁，也讓當地民眾遇到兩岸相關行政事務，不必大費周章跑到台灣本島，可以就近在馬祖辦理。不過，賴政府剛上任，究竟要與大陸保持距離，盡量避免往來，還是如海基會秘書長羅文嘉所說，希望與對岸有更多交流，聽到陸委會和海基會各說各話，著實有點搞不清楚狀況，也讓民眾霧裡看花，丈二金剛摸不著頭緒。
就在賴政府五二０上任後，今年七月二十七日公開提醒國人，如非必要，暫時不要前往大陸，也讓原本期待新政府上任後，兩岸能夠春暖花開的旅遊業者，被澆了好大一盆冷水。
從二０二０年初，因為新冠疫情中斷的兩岸旅遊，至今雙方組團形式的團體旅遊，因為政治因素，想要開放依舊遙遙無期，也讓許多想要跟團到大陸的台灣民眾無法成行，即使親朋好友私下以自由行名義，變相組團到大陸旅遊，也欠缺任何保障，一旦出了意外，根本求助無門，也無人能夠出面負責。
總統賴清德在今年十月五日的國慶晚會上拋出「祖國論」，近來逐漸發酵，高齡八十一歲的海外中國異議人士徐文立，就發表給賴總統和立法院長韓國瑜公開信，表示願意擔任這些特定民眾申請中華民國護照的民間公司董事長。
先前我政府對於在中正機場轉機或是來台旅遊，申請政治庇護的大陸人士，幾乎都不願意接受，受到遣返的待遇。但對於這些在一九四九年十月一日，中華人民共和國成立以前，在大陸出生又認同中華民國，想要取得我國籍的民眾來說，在賴總統說出「祖國論」之後，民進黨政府似乎找不到拒絕入籍的理由，一旦政府說不，豈非讓賴總統顏面盡失。（記者康子仁）