二０二０年台南市國際龍舟錦標賽受武漢肺炎疫情影響，縮小比賽規模，取消藝文展演等周邊活動，適度開放民眾戴口罩進場觀看龍舟賽，為參賽選手們加油打氣，體驗端午節划龍舟的歡樂氣氛。
體育處表示，台南市國際龍舟賽結合民俗、藝文與科技，龍舟競渡前必須「請水神」、「接龍船」、「祭江」，六月十八日將在安平開台天后宮舉行龍舟開光點睛儀式，祈求庇佑龍舟賽圓滿成功，十九日至廿一日賽前練習，廿三日舉行祭江儀式，展開為期三天龍舟賽事。
相傳端午節陽氣最旺，被視為驅瘟除疫的日子，不過，習俗碰上現代病毒，也只能保持「社交距離」。在國內疫情趨緩的前提下，二０二０年台南市國際龍舟錦標賽將縮小規模舉辦，取消親子樂端午、闖關遊戲、藝文展演等周邊活動。府城美食是一項特色，將保留攤販區陳設。
為了避免防疫破口，部分縣市採閉門比賽，透過網路或電視直播龍舟賽。體育處指出，審慎評估各項防疫方案，台南市計畫適度開放民眾戴口罩進場觀看龍舟賽，為參賽選手們加油打氣，體驗端午節划龍舟的歡樂氣氛，比賽中的選手未強制約束戴口罩，這些計畫將視當時疫情狀況採取因應措施。
