根據農委會的說明，水利會會長不再由選舉產生，改為官派，會務可回歸專業；改制之後，財務相對困難的農村型水利會，也可由政府挹注更多資源；農田水利會改制升格為公務機關賦予公權力，可提升農業水資源利用效率與確保灌溉水源安全。從這些角度來看，蔡政府推動農田水利會改制，的確有其合理之處。
但是，前年蔡政府修正水利會組織通則之前，許多農田水利會已發出不平之鳴；此次修法之前仍有全台灣十七個農田水利會部分會員，組成「反消滅水利會全國自救總會」，修法時約兩百名各地水利會會員到立法院抗議。可見，號稱「史上最會溝通的政府」，在這兩次修法過程中，並未使出「最會溝通」的本事。
在農水二法相繼修正之後，農委會將成立農田水利署，水利會自十月一日起改制為農水署分署。問題在於，農水法修正之後，還有十個子法、十七個作業分基金要修訂或設置，其中不乏要與全台灣十七個水利會協商者，而改制時間距今已不到三個月，連農委會官員都坦承「時間壓力不小」。既然如此，又何必急著在此次立法院臨時會中三讀通過？或為何不暫緩改制時程？
其次，農田水利會改制引發強烈反彈的原因之一，在於剝奪了水利會會員的選舉權。改制之前，農田水利會屬於公法人，其法律上的性質與自治團體相當，享有自治權限。儘管過去水利會選舉爆發過弊端，但弊端應可透過制度修改予以導正，例如二０一六年即曾修法防弊。豈料，一向享有自治權限的水利會會員的投票權、選舉權會消失在號稱「民主進步」的政黨執政時。
最令水利會會員不滿者，在於水利會資產被國家概括承受。從實務面來看，若干農村型水利會的確存在財務危機，例如宜蘭、屏東等農田水利會都恐破產；但從史料來看，台灣的農田水利會制度可追溯至元朝時期，先民來台以簡易方式自溪河引水灌溉農田；明鄭、清朝、日據時期，農田水利規模漸增，但農田水利設施係由民間出資、興建、收益。日據初期，水利設施仍為私有，之後成立水利組合，水利設施被日據政府徵收，轉歸水利組合會員共有。
台灣光復之後，水利會土地一度登記為國有，但民國四十年又改為早期登記為水利委員會或農田水利會者，由該組織為所有權人辦理登記，農田水利會的身分則為公法人；至民國八十七年，全台灣十七個農田水利會均已向法院登記為財團法人。從此一過程來看，連威權時期的國民黨政府也不敢強占水利會財產。豈料，蔡政府卻不顧諸多水利會反彈及違憲疑慮，修法將屬於財團法人的財產由國家概括承受，難怪連民進黨大老林濁水、前民進黨籍台南縣長蘇煥智等綠營人士，都要跳出來抨擊民進黨政府沒收農民自治權、剝奪水利會財產、土地。
民進黨立院黨團總召柯建銘指出，水利會改制是「轉型正義」問題。柯建銘的說法也再一次證明，只要蔡政府認定是「轉型正義」，即使遊走違憲邊緣也無妨！
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