市府水利局積極推動河川水質淨化工程，透過汙水下水道系統處理汙水，搭配環保署補助設置水質淨化場、以及爭取中央進行水資源回收中心擴建工程，已逐步改善急水溪、鹽水溪、二仁溪及竹溪流域水質。
水利局表示，目前已通水的汙水下水道系統包括安平、柳營、官田、安南、虎尾寮及仁德等六大系統，總計每天可處理汙水量達十八萬一千五百噸，有效削減民生汙水汙染量，避免生活汙流入河川造成汙染。
水利局說，台南獲得環保署的支持與補助，已完成十三座水質淨化場，分佈在急水溪、鹽水溪、二仁溪及竹溪流域，就近截流中度到嚴重汙染的河川晴天汙水，總計處理量最大可達每天十一萬餘噸。
水利局再向環保署爭取辦理虎尾寮水資源回收中心擴建工程案，預定明年施工，將可再增加截流處理水量約每日二萬四千噸，完成後有助二仁溪水質改善。
水利局表示，透過汙水下水道用戶接管工程搭配河川汙水截流工程，有效淨化河川水質，使河川呈現中度至嚴重汙染程度河段比例逐年下降；急水溪嚴重汙染百分比下降約百分之十五、鹽水溪嚴重汙染百分比下降約百分之廿五，二仁溪嚴重汙染百分比下降約百分之七。
，除積極辦理各項水質淨化設施，並將逐步推動沿岸景點營造及串聯，打造成優質生活環境。
