針對武漢市新型冠狀病毒肺炎疫情，疾管署表示，中國大陸官方已同意我方派遣專家前往查訪疫情，目前已預訂儘快派出2名專家前往，期及早了解當地疫情資訊。
疾管署長周志浩表示，因應武漢新型冠狀病毒疫情的防疫需求，疾管署6日向中國國家衛生健康委員會發出信函，請求依據「兩岸醫藥衛生合作協議」派專家前往訪查，以了解病患臨床表現、治療經驗等，以掌握更多疫情資訊。對方也在11日傍晚以電話回覆，同意接待台灣專家訪查團。
疾管署副署長莊人祥表示，依據中國大陸1月11日公布病例統計資料，截至12日為41名病例。因目前正值流感及肺炎等呼吸道疾病好發季節，提醒近期計劃前往中國大陸武漢或鄰近區域的民眾，應避免接觸野生動物及禽鳥、出入活禽市場或醫院等人多之公共場所，同時落實肥皂勤洗手、咳嗽配戴口罩等個人防護措施。
此外，因應中國大陸武漢肺炎疫情，疾管署自2019年12月31日啟動由武漢直航入境班機之登機檢疫，已執行20航班，共檢疫2,199名旅客及機組員，截至目前有症狀者共10名，其中2名符合通報定義個案，經檢驗排除，其餘8人症狀皆已改善或痊癒，經評估無須後送，由地方政府衛生局持續追蹤關懷。迄今共3名符合「中國武漢旅遊史之發燒肺炎病例」個案，皆已於1月8日至9日間排除，國內目前並無中國武漢新型冠狀病毒確診個案。