為了加強防疫，擁有百年歷史的東菜市公有市場六個出入口均設站量體溫和消毒，市場攤商也配合市府推動「宅經濟」網購外送服務，已有八個攤商響應。明宗魚丸及鄭家肉舖老闆都表示，在疫情期間，宅配數量有明顯增加。
台南市長黃偉哲一日前往東菜市了解防疫狀況，並在新設的洗手檯洗手後，接著量體溫進入市場和消費者及攤商打招呼，並提醒大家防疫期間能夠多洗手和消毒環境。黃表示，目前台灣已有醫院內的群聚感染發生，疫情更為嚴峻，希望能夠嚴守關卡，否則一旦發生大規模的社區感染，大家可能更不敢上街，對庶民經濟影響相當大，所以請各市場都要做好防疫。
經發局長陳凱凌表示，台南市轄內各公有零售市場為因應疫情，於年假結束前已全數設置酒精消毒站，提供民眾進出市場時取用，並已在八個市場設置體溫量測服務，近期將採購額溫槍全面設置量測站，同時也將視市場的場地，在明顯處增設洗手檯。
衛生局長陳怡也在東菜市指導消費者如何正確洗手，他利用張貼正確洗手五式「濕、搓、沖、捧、擦」宣傳單，和正確洗手七步驟「內外夾弓大立腕」口訣，並提醒洗手後要擦乾雙手，宣導勤洗手防疫觀念，讓消費者安心購物。
市場處說，東菜市場迄今已有一百一十年的歷史，是台南首座獲得經濟部評鑑的品牌市集，近期也請消毒公司來市場及攤位內噴漂白水消毒。自治會亦自發性在市場出入口設置消毒及量測體溫站，關心每名消費者及攤商健康。
